تأسس قطاع الشئون الأفريقية والآسيوية باعتباره قطاعا تنفيذيا يستهدف تحقيق الرؤية الخاصة بالتميز في المجالات التعليمية والبحثية في أفريقيا.

أنشئ المجلس الأعلى للشئون البحرية في عام 2013 ضمن الهيكل التنظيمي للأكاديمية.